Nicht erschöpfende Liste.

Eutrophierung ist ein erhebliches Problem in der Ostsee, das durch überschüssige Nährstoffe aus verschiedenen Quellen wie Landwirtschaft, Abwasser und Industrie verursacht wird. Dies führt zu einer übermäßigen Algenvermehrung, die zu einem Sauerstoffmangel im Wasser führt und somit Auswirkungen auf die Meeresflora und -fauna hat.
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Meeresverschmutzung im Zusammenhang mit der Industrie und dem Seeverkehr, die zur Freisetzung schädlicher Substanzen wie Kohlenwasserstoffe und Schwermetalle führt und ein strenges Management und strengere Umweltstandards erfordert, um diese Auswirkungen zu minimieren.
Plastikverschmutzung in der Ostsee, die dadurch entsteht, dass Plastikmüll in Flüsse gespült wird und die Meeresfauna bedroht. Um dieses Problem anzugehen, sind Maßnahmen zur Reduzierung von Kunststoffen an der Quelle sowie Recycling und Sensibilisierung erforderlich.

Die Versauerung der Ostsee aufgrund erhöhter Kohlendioxidemissionen ist schädlich für Meeresorganismen und die Artenvielfalt und unterstreicht die Bedeutung der Reduzierung der CO2-Emissionen.

Verschmutzung von Küstengewässern durch Schifffahrt und Hafenaktivitäten, einschließlich Kraftstoffeinleitungen, versehentlichem Verschütten und Abwasser. Um diese Auswirkungen abzumildern, sind sauberere Hafenpraktiken und Präventionsmaßnahmen unerlässlich.

Verschlechterung der Küstenökosysteme durch unregulierte Baumaßnahmen, Schädigung sensibler natürlicher Lebensräume, die eine nachhaltige Stadtplanung und strenge Umweltvorschriften erfordern.

Chemische Verschmutzung durch industrielle Aktivitäten, die zur Freisetzung von Schwermetallen, Industriechemikalien und giftigen Substanzen in Gewässer führt. Um diese Verschmutzung zu reduzieren, sind strengere Umweltvorschriften und die Verarbeitung von Industrieabfällen erforderlich.

Auswirkungen von Offshore-Öl- und Gasaktivitäten auf Meeresökosysteme, da Öllecks und Ölverschmutzungen Schäden an Meereslebensräumen und der Artenvielfalt verursachen und hohe Sicherheitsstandards und Katastrophenschutzmaßnahmen erfordern.

Überfischung ist eine weitere Herausforderung, die die Nachhaltigkeit der Meeresressourcen gefährdet. Die übermäßige Ausbeutung von Fischbeständen und anderen Meeresarten kann zu ökologischen Ungleichgewichten, einem Rückgang der Fischbestände und negativen wirtschaftlichen und sozialen Auswirkungen für Gemeinschaften führen, die von der Fischerei abhängig sind. Die Bekämpfung der Überfischung erfordert ein wirksames Quotenmanagement, den Schutz von Meeresgebieten und die Förderung nachhaltiger Fischereipraktiken, um die Meeresökosysteme langfristig zu erhalten.​