Nebaigtinis sąrašas.
 

Eutrofikacija yra didelė Baltijos jūros problema, kurią sukelia maistinių medžiagų perteklius iš įvairių šaltinių, įskaitant žemės ūkį, nuotekas ir pramonę. Tai veda prie pernelyg didelio dumblių dauginimosi, kuris išeikvoja deguonį vandenyje ir taip paveikia jūros florą ir fauną.
,
Jūrų tarša, susijusi su pramone ir jūrų transportu, dėl kurios išleidžiamos kenksmingos medžiagos, pvz., angliavandeniliai ir sunkieji metalai, todėl reikalingas griežtas valdymas ir griežtesni aplinkosaugos standartai, siekiant sumažinti šį poveikį.

​

Plastikinė tarša Baltijos jūroje, atsirandanti dėl plastiko atliekų, nuplaunamų į upes ir kelianti grėsmę jūros gyvūnijai. Siekiant išspręsti šią problemą, reikalingos priemonės, skirtos sumažinti plastiko kiekį jų šaltinyje, kartu su perdirbimu ir informuotumu.

Baltijos jūros rūgštėjimas dėl padidėjusio anglies dvideginio išmetimo, žalingas jūros organizmams ir biologinei įvairovei, pabrėžiantis CO2 emisijų mažinimo svarbą.

Pakrantės vandenų tarša dėl laivybos ir uosto veiklos, apimanti kuro išleidimą, atsitiktinį išsiliejimą ir nuotekas. Švaresnė uosto praktika ir prevencijos priemonės yra būtinos norint sušvelninti šį poveikį.

​

Pakrantės ekosistemų degradacija dėl nereguliuojamų statybų, žalojančių jautrias natūralias buveines, reikalaujantis tvaraus miestų planavimo ir griežtų aplinkosaugos taisyklių.

​

Cheminė tarša dėl pramoninės veiklos, dėl kurios į vandenis patenka sunkiųjų metalų, pramoninių cheminių medžiagų ir toksinių medžiagų. Siekiant sumažinti šią taršą, būtina griežtinti aplinkosaugos taisykles ir perdirbti pramonines atliekas.

​

Naftos ir dujų veiklos jūroje poveikis jūrų ekosistemoms, nes naftos nutekėjimas ir išsiliejimas daro žalą jūrų buveinėms ir biologinei įvairovei, todėl reikalingi aukšti saugos standartai ir reagavimo į nelaimes priemonės.

​

Perteklinė žvejyba yra papildomas iššūkis, keliantis grėsmę jūrų išteklių tvarumui. Per didelis žuvų išteklių ir kitų jūrų rūšių naudojimas gali sukelti ekologinį disbalansą, žuvų populiacijų mažėjimą ir neigiamą ekonominį bei socialinį poveikį nuo žvejybos priklausomoms bendruomenėms. Norint kovoti su pernelyg intensyvia žvejyba, būtinas veiksmingas kvotų valdymas, jūrų teritorijų apsauga ir tvarios žvejybos praktikos skatinimas, siekiant ilgainiui išsaugoti jūrų ekosistemas.