Niewyczerpująca lista.

Eutrofizacja jest poważnym problemem Morza Bałtyckiego, spowodowanym nadmiarem składników pokarmowych z różnych źródeł, w tym z rolnictwa, ścieków i przemysłu. Prowadzi to do nadmiernego namnażania się glonów, co powoduje utratę tlenu w wodzie, co wpływa na florę i faunę morską.
​
Zanieczyszczenia morza związane z przemysłem i transportem morskim, prowadzące do zrzutów szkodliwych substancji, takich jak węglowodory i metale ciężkie, wymagające ścisłego zarządzania i bardziej rygorystycznych norm środowiskowych w celu zminimalizowania tych skutków.

Zanieczyszczenie tworzywami sztucznymi w Morzu Bałtyckim wynikające z wyrzucania odpadów z tworzyw sztucznych do rzek i zagrażające dzikiej faunie i florze morskiej. Aby rozwiązać ten problem, potrzebne są środki ograniczające ilość tworzyw sztucznych u źródła, a także recykling i świadomość.

Zakwaszenie Morza Bałtyckiego na skutek zwiększonej emisji dwutlenku węgla, szkodliwego dla organizmów morskich i różnorodności biologicznej, podkreślając znaczenie ograniczenia emisji CO2.

Zanieczyszczenie wód przybrzeżnych spowodowane działalnością żeglugową i portową, w tym zrzuty paliw, przypadkowe wycieki i ścieki. Aby złagodzić te skutki, niezbędne są czystsze praktyki portowe i środki zapobiegawcze.

Degradacja ekosystemów przybrzeżnych na skutek nieuregulowanego budownictwa, niszczenia wrażliwych siedlisk przyrodniczych, wymagającego zrównoważonego planowania urbanistycznego i rygorystycznych przepisów środowiskowych.

Zanieczyszczenia chemiczne powstałe w wyniku działalności przemysłowej, powodujące uwalnianie do wód metali ciężkich, chemikaliów przemysłowych i substancji toksycznych. Aby zmniejszyć to zanieczyszczenie, konieczne jest zaostrzenie przepisów ochrony środowiska i przetwarzanie odpadów przemysłowych.

Wpływ działalności związanej z wydobyciem ropy i gazu na morzu na ekosystemy morskie, w tym wycieki i rozlewy ropy powodujące szkody dla siedlisk morskich i różnorodności biologicznej, wymagające wysokich standardów bezpieczeństwa i środków reagowania na klęski żywiołowe.

Przełowienie stanowi dodatkowe wyzwanie zagrażające trwałości zasobów morskich. Nadmierna eksploatacja stad ryb i innych gatunków morskich może prowadzić do braku równowagi ekologicznej, spadku populacji ryb oraz negatywnych skutków gospodarczych i społecznych dla społeczności zależnych od rybołówstwa. Zwalczanie przełowienia wymaga skutecznego zarządzania kwotami, ochrony obszarów morskich i promowania zrównoważonych praktyk połowowych w celu długoterminowej ochrony ekosystemów morskich.